• student: Lucas Jansen
  • opleiding: Bioinformatica, Hogeschool Leiden
  • Begeleider: Barbera van Schaik
  • Periode: 3 Mei – 30 April

Geef een omschrijving van de afstudeeropdracht, zoals deze door de betreffende instantie is geformuleerd:

Binnen het Amsterdam UMC wordt onderzoek gedaan naar auto-immuun ziektes, zoals reumatoide arthritis. Bij dit onderzoek wordt gekeken naar T- en B-cellen en andere onderdelen, zoals het HLA complex. T- en B-cellen zijn onderdeel van het adaptief immuunsysteem. Zodra deze cellen antigenen (bijvoorbeeld van virussen) herkennen komt er een proces op gang waarbij deze cellen zich gaan delen en vinden er mutaties plaats in de receptor om zo een specifieke aanval op vreemd materiaal te kunnen uitvoeren. Bij auto-immuun ziekten is deze reactie gericht op lichaamseigen cellen.

 

In de afgelopen 15 jaar zijn er laboratorium en bioinformatica protocollen ontwikkeld om T- en B-cel receptoren te sequencen om een beeld te krijgen van de immuun reactie bij auto-immuunziekten. Deze technieken worden continu verbeterd. Op dit moment loopt er een project waarbij er wordt gekeken naar de isotypes (IgM, IgD, IgG, etc) van B cel receptoren en in een ander project wordt HLA bestudeerd. Het sequencen van de B cel receptor en HLA is gebaseerd op hetzelfde protocol (Rapid Amplification of cDNA Ends, RACE) en de methodes om deze data te analyseren overlapt elkaar deels. De analyse wijkt enigszins af van eerdere experimenten en er is de wens om analyses uit te breiden voor deze specifieke projecten.

 

In de afstudeeropdracht wordt in eerste instantie samengewerkt met de stagebegeleider en twee AiO’s van de afdeling Immunologie & Reumatologie om data te pre-processen en de sequentie fragmenten te karakteriseren (o.a. kwaliteitscontrole, aligment, kwantificeren van waargenomen B cellen en HLA varianten). In het tweede deel van de stage worden projectspecifieke analyses uitgevoerd. Bij HLA gaat het om het identificeren van potentiele splice varianten. Bij de B cel receptoren gaat het om de vergelijking van isotypes in diverse samples.

 

Geef een beschrijving van de aard van de werkzaamheden die je gaat uitvoeren, teneinde deze afstudeeropdracht tot een goed einde te brengen:\

Tijdens de stage wordt samen gewerkt met internationale AiO’s van de afdeling Immunologie & Reumatologie. De kennis over immunologie wordt uitgebreid en er wordt ervaring opgedaan met methode ontwikkeling voor sequentie data van B cel receptoren en HLA, data analyse, interpretatie plus rapporteren van de bevindingen. Tevens wordt er ervaring opgedaan met high throughput analyse op een cloud systeem. Binnen het Bioinformatica Laboratorium wordt veel aandacht besteed aan reproduceerbaarheid van onderzoek. De student wordt ook hierin opgeleid.

 

Aard van de werkzaamheden: eerst wordt er een literatuuronderzoek gedaan om kennis op te doen. Het rapport hierover kan dienen als introductie voor het eindverslag. Vervolgens wordt er samen gewerkt aan de initiele data analyse van de RACE samples (data is beschikbaar). Ten slotte worden er nieuwe project specifieke methodes ontwikkeld (bij voorkeur in Python) om splice varianten in HLA te kunnen detecteren. Indien de tijd dit toelaat kan er ervaring opgedaan worden met de verschillende isotypes van B cel receptoren.